Немецкий клуб провёл групповой этап Лиги чемпионов под руководством двух тренеров. «Байер» набрал пять очков и опередил «Атлетико», но пропустил вперёд «Порту» и «Брюгге». В первом круге командой руководил Херардо Сеоане, во втором — Хаби Алонсо.
С приходом испанца дела «Байера» заметно улучшились. Команда поднялась со дна таблицы на шестое место в Бундеслиге, а также добралась до полуфинала Лиги Европы. Первый раунд плей-офф получился максимально интригующим, но немцы всё-таки одолели «Монако». Команда Александра Головина победила в Леверкузене — 3:2, но соперник взял реванш с таким же счётом во Франции. В серии пенальти удача была на стороне «Байера». В 1/8 финала команда Хаби Алонсо прибила «Ференцварош» Станислава Черчесова — две победы с одинаковым счётом 2:0. А далее «Байер» расправился с сенсационным «Юнионом». Первый матч не выявил победителя — 1:1, а на выезде клуб Бундеслиги не испытал проблем — 4:1.